Нет, разве что жесткий диск уже плохой. Форматирование жесткого диска несколько раз не вызовет каких-либо дополнительных проблем с жестким диском или замедлит работу жесткого диска. Во всяком случае, жесткий диск должен работать быстрее после того, как он был отформатирован, и все было переустановлено.